Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх равных горизонтальных полос двух голубых и между ними жёлтой; посередине жёлтой полосы чёрным, серым и красным цветами воспроизведено изображение хорька, на голубых полосах жёлтым, оранжевым и белым цветом с чёрными контурами воспроизведены кадуцей, цеп и бунчук из герба района

Флаг Богучарского муниципального района составлен на основе герба и языком символов и аллегорий отражает исторические, природные и экономические особенности района.

Центр района — город Богучар — появился в начале XVIII века.

При разработке флага Богучарского муниципального района использована фигура и цвет поля исторического герба уездного города Богучара, пожалованного императрицей Екатериной Великой 21 сентября 1781 года, подлинное описание которого гласит:

«… зверекъ, называемый хорекъ, въ золотомъ полѣ, каковыхъ въ окрестностяхъ сего города очень много».